Η ανάπτυξη των ανταγωνιστικών πλεονεκτημάτων του πρωτογενή τομέα και της σχετιζόμενης μεταποίησης θα βασιστεί τόσο στα συγκριτικά πλεονεκτήματα που διαθέτει η Περιφέρεια, όπως η φύση, οι πρώτες ύλες και η καλλιεργητική και μεταποιητική παράδοση, όσο και στην αξιοποίηση της γνώσης και της τεχνολογίας.
Οι σημαντικότερες υφιστάμενες ή αναδυόμενες μεταποιητικές δραστηριότητες που σχετίζονται με την πρωτογενή παραγωγή και το «καλάθι» της Περιφέρειας είναι:
- ποτοποιία και ιδιαίτερα η οινοποιία
- παραγωγή και τυποποίηση λαδιού
- τυροκομία και παρασκευή γαλακτοκομικών προϊόντων
- παρασκευή προϊόντων από μέλι
- παραγωγή προϊόντων από αρωματικά και φαρμακευτικά φοιτά
- συσκευασία, τυποποίηση, μεταποίηση οπωροκηπευτικών
- συσκευασία και τυποποίηση αλιευμάτων και προϊόντων υδατοκαλλιέργειας
- σφαγή, επεξεργασία και μεταποίηση κρέατος
Η Περιφέρεια, όπως εξάλλου και ολόκληρη η Ελλάδα, διαθέτει αυτόχθονες φυτικές ποικιλίες και ζωικές φυλές οι οποίες καλλιεργούνται και εκτρέφονται για αιώνες. Τα είδη αυτά, αν και πολλές φορές έχουν επιμολυνθεί με ξένα είδη, διατηρούν μοναδικά χαρακτηριστικά τα οποία σε συνδυασμό με παραδοσιακές μεταποιητικές τεχνικές θα πρέπει να αναδειχθούν και να αξιοποιηθούν αποτελώντας τα στοιχεία διαφοροποίησης από τον διεθνή ανταγωνισμό. Επιπλέον, η ανάδειξη των παραδοσιακών ειδών και τεχνικών αποτελεί μια σημαντική συνεισφορά στη δημιουργία ενός τοπικού brandname και μύθου τα οποία είναι βασικά στοιχεία τόσο για την προώθηση των ίδιων των προϊόντων όσο και για την ανάπτυξη του τουρισμού εμπειρίας. Η προσέγγιση αυτή επηρεάζει το σύνολο της αλυσίδας αξίας των σχετικών αγροτικών προϊόντων.
Η ανάδειξη, επιλογή, πιστοποίηση και προστασία των αυτόχθονων ειδών και η αξιοποίηση σύγχρονων τεχνολογιών για την παραγωγή παραδοσιακών προϊόντων απαιτεί ερευνητική προσπάθεια η οποία θα συνδυαστεί και θα συσχετιστεί με ανάλογες πρωτοβουλίες σε άλλες περιοχές και σε εθνικό επίπεδο.
Η ανάπτυξη της αλιείας και των υδατοκαλλιεργειών ειδικότεραθα ακολουθήσει ένα μοντέλο βιώσιμης ανάπτυξης το οποίο σέβεται το θαλάσσιο περιβάλλον, από το οποίο εξαρτώνται, και βρίσκεται σε αρμονία με ανταγωνιστικές ως προς τη χρήση των φυσικών πόρων δραστηριότητες, όπως ο τουρισμός.Οι υδατοκαλλιέργειες στην Περιφέρεια αποτελούν τμήμα μιας ευρύτερης αλυσίδας αξίας η οποία επεκτείνεται σε αρκετές περιφέρειες της Ελλάδας με τους βασικούς τοπικούς πρωταγωνιστές να διαδραματίζουν ηγετικό ρόλο σε εθνικό επίπεδο.
Τέλος, τόσο για τον τομέα της αγροδιατροφής όσο και της υδατοκαλλιέργειας η ανάπτυξη του ανθρώπινου δυναμικού αποτελεί προϋπόθεση για την επίτευξη των παραπάνω στόχων.